La structure des macroinvertébrés et l’état de santé biologique des réservoirs n°2 de Ouagadougou et de Ziga ont été examinés dans cette étude. Pour ce faire, les variables physico-chimiques clés ont été mesurées in- situ et les macroinvertébrés collectés selon la méthode d’échantillonnage multi-habitat à l’aide d’un filet troubleau de juillet à septembre 2020. Au total, 31 familles de macroinvertébrés dominés par des Insectes, suivi des Crustacées, des Mollusques et des Annélides, ont été rencontrés. Le réservoir de Ziga présentait la plus forte diversité (25taxa) contre (19 taxa) au réservoir n°2 de Ouagadougou. Les taxa sensibles des Crustacés et des Ephéméroptères ont été recensés uniquement dans le réservoir de Ziga. Tandis qu’au réservoir n°2 de Ouagadougou, les taxa tolérants des Diptères, des Gastéropodes et des Annélides étaient les plus dominants. Les valeurs des indices de diversité et les métriques polluo-sensibles sont très élevées dans le réservoir de Ziga, traduisant les bonnes conditions de l’habitat du dit réservoir que dans le réservoir n°2 de Ouagadougou qui présentait des fortes conductivités et des faibles taux d’oxygénation due à la dégradation de l’habitats par les fortes pressions anthropiques. Il est donc nécessaire de réguler les activités anthropiques et de sensibiliser la population sur la protection du réservoir n°2 de Ouagadougou afin de préserver la qualité physico-chimique de l’eau et son intégrité biologique pour le bonheur des population riveraines.