Genetic diversity of Cleome gynandra germplasm in Burkina Faso using SSR molecular markers
- African Journal of Agricultural Research , 19 (8) : 839-848
Résumé
Cleome gynandra L. est un légume feuille traditionnel important dansl'alimentation du Burkina Faso. Du fait de sa haute valeur nutritionnelle, il constitue un excellent complément alimentaire, répondant à un besoin nutritionnel et médicinal des populations. La présente étude vise à évaluer la diversité génétique et les relations intra et interpopulations de la collection de C gynandra à l’aide des marqueurs moléculaires SSR spécifiques à Cleome gynandra. Ainsi, neuf amorces microsatellites ont été utilisées pour évaluer la
diversité génétique de 33 accessions de Cleome gynandra. L’ADN de chacune des 33 accessions a été extrait au CTAB (Cethyltrimethylammoniun bromide) et
ensuite amplifié. Les réactions PCR ont été réalisées dans un volume final de 25 μl. A la fin de la migration, la révélation des produits amplifiés a été faite sous lumière ultra violette d'un transilluminateur. Le gel de migration a été ensuite photographié. La lecture a été faite sur les profils électrophorétiques qui lui sont associés. Un nombre total de 50 allèles a été recensé (soit en moyenne 5,56 allèles par marqueur). Le contenu en information de polymorphisme (PIC) a varié de 0,82 à 0,43 respectivement pour les marqueurs CG01 et CG033 avec une moyenne de 0,60 montrant une diversité génétique importante de la collection de Cleome gynandra étudiée. En effet, six marqueurs sont hautement informatifs (PIC > 0,5).La différenciation inter-morphotypes a montré une FST de 0,17 a été enregistré entre le morphotype vert et le morphotype violet foncé. En effet, les deux
morphotypes sont différents. L’organisation et la structuration de la diversité a donné trois groupes génétiques distincts indépendamment de la couleur des morphotypes et l’origine des accessions. Le groupe C est le plus homogène avec majoritairement les accessions du morphotype vert et les plus performantes dont
trois (OUA9, OUA10 et KOM2).
Mots-clés
Molecular markers, SSRs, Cleome gynandra, Burkina Faso