Les infections urinaires (IU) causées par des uro-pathogènes constituent un problème de santé publique important et leur traitement repose principalement sur l'antibiothérapie. Cependant, le développement mondial croissant de la résistance aux antibiotiques nécessite une mise à jour des techniques de diagnostic pour garantir une sensibilité et une spécificité plus élevées, en particulier avec les progrès de la science et de la médecine. Cette étude visait à évaluer la prévalence des IU et les profils de résistance aux antibiotiques par culture d'urine, ainsi qu'à identifier Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca et Acinetobacter spp. dans les échantillons d'urine en utilisant une approche moléculaire avec PCR multiplex en temps réel. Du 3 mai au 25 juillet 2023, au Centre de Recherche Biomoléculaire Pietro Annigoni (CERBA) et à l'Hôpital Saint Camille de Ouagadougou (HOSCO), 209 échantillons d'urine collectés auprès de patients suspects d'IU ont été analysés à la fois par culture d'urine et par PCR multiplex en temps réel. Parmi les 209 patients, 52,15 % étaient des hommes et 47,85 % des femmes, avec un âge moyen de 46,87 ± 21,33 ans. Les cultures d'urine ont révélé une prévalence globale d'infections urinaires de 23,44 %, avec une prévalence de 8,13 % chez les hommes contre 15,31 % chez les femmes (P = 0,023). Les taux de prévalence bactérienne étaient les suivants : Escherichia coli (12,92 %), Klebsiella spp. (7,18 %), Enterobacter cloacae (1,44 %), Staphylococcus aureus (0,96 %) et autres bactéries. Klebsiella spp. ont démontré une résistance de 100 % à l'amoxicilline et à l'amoxicilline/acide clavulanique, tandis qu'Escherichia coli a montré une résistance de 96,2 % et 65,4 % à l'amoxicilline et à l'amoxicilline/acide clavulanique, respectivement. L'analyse PCR des bactéries cibles a révélé des taux de prévalence de mono-infection de Klebsiella pneumoniae (10,39 %), Klebsiella oxytoca (7,79 %) et Acinetobacter spp. (7,79 %), ainsi qu'un taux de prévalence de co-infection de Klebsiella pneumoniae /Acinetobacter spp. (1,30 %). Cette étude a démontré que la PCR, avec sa sensibilité et sa spécificité élevées, pouvait distinguer efficacement Klebsiella pneumoniae de Klebsiella oxytoca et détecter Acinetobacter spp. en moins de 24 heures, ce que la culture d'urine seule ne pouvait pas réaliser. La relative facilitée d’automatisation des tests PCR urinaires, combinée à sa précision diagnostique et à son délai d’exécution rapide, en fait un ajout précieux à la pratique médicale moderne pour le diagnostic en laboratoire des infections urinaires.

Urinary Tract Infections, Klebsiella pneumoniae , Klebsiella oxytoca ,Acinetobacter spp., Urine Culture, Real-Time PCR