Introduc*on : Face à l’augmenta?on de la demande de tests COVID-19 et aux difficultés
d’approvisionnement en réac?fs en pleine pandémie en 2021 au Burkina Faso, la technique
de « pooling » a été envisagée par le laboratoire Bio2000 de l’Ins?tut IBMT dans le contexte
d’un pays à faible prévalence en vue de fournir des résultats dans des délais raisonnables pour
les voyageurs et les cas contact.
Matériel et Méthodes : Une étude préliminaire sur 100 échan?llons nasopharyngés a consisté
d’abord à évaluer les résultats entre les pools de 5,10,15 échan?llons analysés par PCR
GeneXpert Cepheid et de retenir le plus performant qui est le pooling à 5 échan?llons. Il s’est
agit ensuite de comparer les performances de 2 stratégies de pooling sur 1000 échan?llons
nasopharyngés. La première stratégie de pooling (SP1) a consisté à faire des PCR GeneXpert
sur des pools de 5 échan?llons et la deuxième stratégie (SP2) a consisté à faire un screening
de tous les échan?llons avec le TDR an?génique Covid19 Wondfo lu avec l’appareil Finecare
FIA Meter III Plus avant de procéder au pooling de 5 pour uniquement les TDR néga?fs. Les
résultats des 2 stratégies de pooling ont été comparés en terme de sensibilité, spécificité et
coût avec les résultats des PCR GeneXpert réalisés échan?llon par échan?llon.
Résultats : Sur les 1000 échan?llons testés individuellement avec la PCR GeneXpert, 49 étaient
posi?fs (4,9%) et le coût total était de 49 500 USD soit un coût unitaire de 49,5 USD. Le pooling
de 5 échan?llons avait les meilleures performances avec 97% de sensibilité et une spécificité
de 100%. La stratégie SP1 avait une Sensibilité de 93,4%, une Spécificité de 99,8% et un coût
unitaire de 17,8 USD soit une économie de 64%. La stratégie SP2 avait une Sensibilité de
97,9%, une Spécificité de 99,8% et un coût unitaire de 12,6 USD soit une économie de 74,4%.
La comparaison entre les 2 stratégie montre que la stratégie SP2 est plus sensible et permet
un gain de 5,2 USD par test soit 5200 USD pour 1000 tests.
Conclusion : Le travail a montré que le pooling à plus de 5 échan?llons entraine des pertes de
sensibilité globale des tests PCR du fait de la dilu?on. Par ailleurs une stratégie procédant
d’abord par un screening de tous les échan?llons avec des TDR an?géniques avant le pooling
puis la PCR augmente la sensibilité diagnos?que et permet de faire une économie
substan?elle u?lisée pour tester le plus grand nombre.
COVID19 Cout Burkina Faso